Ünal, Yeni Şafak’ta ölümünün 87. yıl dönümünde Mustafa Kemal Atatürk’ü hedef alan bir yazı kaleme almıştı. Söz konusu yazı, kaldırılmış ve sebebinin gelen tepkiler olduğu iddia edilmişti. Aydın Ünal ise sosyal medya hesabından yaptığı açıklamada “Ne sansür ne geri adım söz konusudur. Olay teknik bir hatadan ibarettir” demişti.
"Bir istismar aracı olarak Atatürk" başlıklı yazısında, "Onu abartılı övenler ve ona tepki gösterip abartılı yerenler arasında, 5186 Sayılı Kanun’a da muhalefet etmeden hakiki bir Mustafa Kemal yazısı yazmak mümkün mü? Haydi deneyelim" diyen Ünal, yazısında şu ifadeleri kullandı:
"Kendi devreleriyle kıyaslandığında askeri safahatı vasatın altındaydı zira Sofya Ateşemiliterliği, Şehzade Vahdettin’in yaverliği gibi görevlerle ya da sağlık sorunları nedeniyle devrelerine göre daha az kıta vazifesi almış, Çanakkale dışında bir askeri başarı kaydetmemişti. Riske girmezdi. Kudüs’ün işgali öncesinde ordu kumandanlığından istifa ederek Viyana’ya kaplıcalara gitmiş, Medine komutanlığı önerildiğinde reddetmiş, Filistin görevine gönderildiğinde orduyu ağır zayiatla Afrin’e kadar geri çekmişti. Sultan Vahdettin tarafından Anadolu direnişini örgütlemek için gönderildiğinde ordudaki en müsait yüksek rütbeli subaydı; vazife doğal olarak ilk ona teklif edilecekti. İstiklal Savaşı’nın altyapısı zaten hazırdı; zafer, tek adamın değil, kolektif bir çabanın neticesiydi."
Atatürk için "Fikirleri fark oluşturmaktan, özgünlükten, orijinallikten uzaktı", "Mustafa Kemal bugün ne fikirleriyle ne de eserleriyle var; sadece Batılı yaşam tarzlarının muhafazası için istismar edilen bir isim olarak varlığını sürdürüyor" iddialarında bulunan Ünal, "Nitekim ne çağını, ne başka toplulukları etkileyebildi. Fikirleri bugüne de ulaşmadı. Müslüman bir halkı Batılılaştırmak, laikliği İslam toplumunda uygulamak, seküler bir toplum yaratmak gibi ‘özgün’ aksiyonları ise daha sağlığında çökmüş, başarısız olmuştu" ifadelerine yer verdi.
